Это поистине уникальное геологическое образование, и до сих пор до конца не изучено то, под влиянием каких сил была образована эта долина. Единственное известно наверняка, что этот «разлом» образовался в результате глобальных движений земной коры и зачастую его ширина достигает до 65 км, а глубина – до 609 м.
Большинство озер Кении (в том числе Туркана, Наиваша, Накуру, Баринго, Богория, Магади) расположены вдоль Великого Африканского разлома и, соответственно, имеют рифтовое происхождение, а на границах разлома возвышаются высочайшие горы Африки – Кения и Килиманджаро (в Танзании).